28 Kasım 2010 - 4 Ekim 2017 tarihleri arasında Zonguldak Bülent Ecevit Üniversitesi Rektörü olan Mahmut Özer, 1 Ağustos 2015-1 Ağustos 2016 tarihleri arasında Üniversitelerarası Kurul (ÜAK) Başkanlığı'nı üstlendi. Mesleki Yeterlilik Kurumu (MYK) Yönetim Kurulu Üyeliği ve Başkan vekilliği ve Türk Standartları Enstitüsü (TSE) Genel Kurul Üyeliği görevlerini de yerine getiren Özer, 4 Ekim 2017 tarihinde Ölçme, Seçme ve Yerleştirme Merkezi (ÖSYM) Başkanlığı görevine atandı. Halen İslam Dünyası Yükseköğretim Kalite Güvence Ajansları Birliği (AQAAIW) Başkanı olan Özer, 8 Ağustos 2018 tarihinde Milli Eğitim Bakanlığı Bakan Yardımcılığına atandı. 5 Ağustos 2021 tarihinde Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan imzasıyla Milli Eğitim Bakanlığına atandı.