Natron Gölü, aşırı buharlaşma nedeniyle kendine özgü bir renge sahiptir. Kurak dönemde tuzluluk oranı artar ve tuz ile beslenen mikroorganizmalar gelişmeye başlar. Bazı siyanobakterileri de içeren bu gibi halofilik organizmalar, bitkiler gibi fotosentez yaparak kendi besinini üretir. Siyanobakteride bulunan kırmızı yan fotosentez pigmenti Natron Gölü'nün orta kısmına kırmızı, kıyı kesimlerine de turuncu renkleri verir. Gölün yüzeyinde bulunan alkali tuz tortusu, tuzla beslenen mikroorganizmalar tarafından kızıl ve pembe renklere bürünür.