Mandalina çekirdekleri, özellikle çekirdekli türlerde, tüketilmemesi gereken kısımlar arasında yer alır. Araştırmalar, mandalina çekirdeklerinin apandisiti tıkama riskine sahip olduğunu gösteriyor. Bu nedenle mandalina yerken çekirdekleri mutlaka ayırmak gerekir.