Sirke anasının sağlık üzerindeki etkileri, sirkenin kendisi kadar geniştir. İçeriğinde bulunan probiyotikler, mineraller ve faydalı bakteriler sayesinde birçok etki sağlayabilir. Sirke anası, bağırsak dostu bakteriler içerir. Bu bakteriler, bağırsak florasını düzenler ve sindirimi kolaylaştırır. Aynı zamanda şişkinliği azaltmaya yarar.