Balık yağındaki asıl problem ise balığın yaşarken tüketmiş olduğu kirli besinlerle ilgili. Bu toksinler, cıva, kurşun ve kadminyum gibi ağır metallerden oluşabilir. Balık yağı takviyelerinde bu maddeler bulunmasa da bazılarında kurşun içerdiği belirlenmiş.