Zaman içinde medrese işlevini sürdüren yapı hemen her dönemde bakım ve onarım çalışmalarından geçti. Sultan Abdülaziz döneminde 1869-1874 yılları arasında yıktırılan ve eski medrese temelleri üzerine yeniden inşa edilen yeni medrese binası, Ayasofya'dan geriye çekilerek batı cephesinin hizasında hazırlanan projelere göre yapıldı.