Kefir ishale yol açan E.coli ve Salmonella gibi patojen mikroorganizmalara karşı antimikrobiyel etkisiyle onların gelişimini önlemekte ve ishale iyi gelmektedir. Laktik asit bakterileri ve mayaların mikroflorada bulunmalarından dolayı, kefir dış kaynaklı bağırsak mikroorganizmalarına karşı yüksek derecede antibiyotik etki gösterir.
Düzenli tüketildiğinde hafif bir gevşeme ve uyku hali verir. Kefirin depresyonu azaltıcı etkisi triptofan, magnezyum ve kalsiyum içeriğinin yüksek olması ve bunların kaslardan laktik asidi atmasına bağlanmaktadır İçerisinde bulunan fosfor sayesinde, hücre gelişimi ve enerji ihtiyacının karşılanması için karbonhidratların, yağların ve proteinlerin kullanımında kolaylık sağlamaktadır.