Crohn hastalığı: Eğer ilaçlarla tedavi edemediyseniz bu bölgenin ameliyatla çıkarılması en kesin tedavi gibi görünmektedir. Eğer kanser öncüsü lezyonlar gelişmekteyse de ameliyat yapılması gerekmektedir.
Ulseratif kolit: Eğer ilaçlar ile tedavi edilemedi ise ve şikâyetleri devam ediyor ise ameliyat önerilebilir. Bu hastalıkta da kanser öncüsü lezyonlar oluşabilir. Kanser öncüsü lezyonlara rastlandığı zamanda ameliyat yapılması gerekmektedir.
Divertikülit: Kalın bağırsakta oluşan küçük baloncuklara divertikül denilmektedir. Bu divertiküllerin iltihaplanmasına da divertikülit denilmektedir. Divertikülit birden fazla tekrar ederse veya komplikasyonları gelişmişse ameliyat yapılabilir.