Ekşi maya, özellikle tam buğday unu kullanılarak yapıldığında, içerdiği asidik maddeler sayesinde sindirimi kolaylaştırıyor. Bu da sindirim sorunları yaşayan kişilere yardımcı oluyor. Ekşi maya, fermantasyon sürecinde bulunan maya ve bakteriler tarafından yapılan asitler nedeniyle, ekmeğin glisemik indeksini de düşürür. Bu, kan şekerinin daha dengeli bir şekilde yükselip düşmesine yardımcı oluyor. Ekşi maya, fermantasyon sürecinde nişastayı parçalar ve besin maddelerini daha kolay emilebilir hale getirebilir. Ayrıca ekşi maya, bazı vitaminlerin (B grubu vitaminleri gibi) ve minerallerin (demir, çinko gibi) daha iyi emilmesini yardımcı olur.