Peker, Kelebek Operasyonu davası kapsamında cezaevindeyken Ergenekon davasında da sanık oldu. Ergenekon davasında da 10 yıl hapis cezasına çarptırılan Peker, 2014 tarihinde Özel Yetkili Mahkemeler'in kapatılması ve uzun tutukluluk süresinin de 10 yıldan 5 yıla indirilmesinin ardından aldığı ceza miktarı dikkate alınarak 10 yıl sonra tahliye edildi.
'Barış Akademisyenleri'ni kişisel internet sitesinde 13 Ocak 2016 tarihinde yazdığı yazıda "Oluk oluk kanlarınızı akıtacağız ve kanlarınızla duş alacağız" sözleriyle tehdit ettiği iddiasıyla hakkında 11 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açılan Peker, İstanbul Anadolu Adliyesi 20'nci Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanarak beraat etti.
Peker hakkında 2017 yılında, 15 Temmuz darbe girişiminin yıldönümü nedeniyle Üsküdar'da düzenlenen şehitleri anma programında yaptığı konuşmada nedeniyle Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'nca "Suç işlemeye alenen tahrik etmek" suçundan 6 aydan 5 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı. Anadolu 41. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Peker, üzerine atılı eylemin suç oluşturmadığı gerekçesiyle beraatine karar verildi.
Peker iddialara göre yılbaşında Karadağ'dan Makedonya'ya geçti. Peker'in bu ülkede gizlenmek için sahte pasaport edinmeye çalıştığı da öne sürüldü.