M. Emin Saraç, 1940–43 yıllarında Niksar-Merzifon'da mukabeleler okudu. 1943'te ailesi tarafından tahsil için İstanbul'a Ali Haydar Efendi'nin tekkesine gönderildi. Ali Haydar Efendi, tekkesi sürekli gözlem altında tutulduğu için M. Emin Saraç'ı Fatih Camii Baş İmamı Ömer Efendi'ye emanet etti. Ömer Efendi'nin yanında Kur'ân talimi yapmaya ve Telhîs okumaya başladı. M. Emin Saraç Fatih Camii'nde üç ay misafir kaldıktan sonra Kargümrük'teki Üçbaş Medresesi'ne gitti. Burada ikamet eden ve 65 sene başkayyımlık yapan Süleyman Efendi'den Buhâri-i Şerif'in birinci ve ikinci ciltlerini okudu.M. Emin Saraç, Üçbaş Medresesi'nde 1950'ye kadar kaldı. Bu süreçte Ali Haydar Efendi ile Fatih Camii baş imamı Ömer Efendi'den başka Gümülcineli Mustafa Efendi, Muhaddis İbrahim Efendi, Arnavut Hüsrev Efendi, Ali Haydar Efendi, Silistreli Süleyman Hilmi (Tunahan) Efendi gibi zatlardan da tefsir, hadis, fıkıh, usul dersleri okumaya devam etti. İstanbul'da kaldığı yıllarda M. Emin Saraç; Tirmizî, Buhârî-i Şerif, Merâkı'l-Felâh, Kudûrî-i Şerîf, Şerhu'l-Akâid, Şifâ-i Şerif, Mir'ât, Müslim-i Şerîf, Mişkâtü'l-Mesâbih, Tefsir-i Kâdı Beyzavî gibi kitapları okudu.