Nedeni henüz bilinmiyor
Çikolata kisti hastalığının ortaya çıkış nedeni hala net olarak bilinmemekle birlikte bu konuda birçok görüş mevcut. En yaygın görüş adet kanının bu dönem sırasında rahimden geçerek kadının tüplerine ve buradan karın ve kasık içine sızması. Bu dokunun sonradan karın ve kasık boşluğunun içine doğru büyüyerek yerleştiği düşünülüyor. Bu duruma ’geriye doğru adet görme’ deniliyor.