Karpuz çekirdekleri, genellikle etkisiz eleman gibi görünse de sindirilemediği için fazla tüketilmesi önerilmez. Çekirdek tüketiminin insan sağlığına farklı bit zararı bulunmuyor. Ancak aşırısı, sindirim ve gaz sorunlarına yol açabilir. Acillik olmamam için mümkün olduğunca çekirdeksiz bölgelerden tüketmeye çalışın.