Uyku apnesi varlığı sebebiyle sık sık uyanmak, derin uykuya geçememek büyüme hormonu, melatonin, 24 saatlik Sirkadiyen ritminin bozulması ve sempatik, parasempatik (sinir sistemi) dengesinin empatik sistem lehine bozulmasına sebep olmaktadır. Bununla birlikte kan Ph’ı fazla miktarda serbest oksijen radikallerinden dolayı asitleşerek zaman içinde yüksek tansiyon, insülin direnci, diyabet, cinsel isteksizlik, hiperlipidemi, göbek çevresinde yağlanma, saç dökülmesi, ritim bozuklukları, pıhtı atması ve depresyon riskini çok fazla artırır.