Baş ağrısı, gluten duyarlılığı olan insanların sıklıkla yaşadığı semptomlardan birisidir. Genellikle gluten içeren besinleri tükettikten 30-60 dakika sonra başlar. Kronik migren aynı zamanda bulanık görme ve göz ağrısı da yapabilir.