Hastalık bazı bireylerde yıllarca hiç belirti vermez veya çok hafif seyredebilir ve kişi çölyaklı bir hasta olduğunu uzun süre fark etmeyebilir. Hastalık tipik belirtilerle başlayabileceği gibi çok hafif belirtilerle de seyredebilir.Çölyak hastalığı olan çocuklarda özellikle karın ağrısı, karında şişlik, ishal, huzursuzluk, iştahsızlık, enfeksiyonlarda artış ve gelişme geriliği, kusma, kilo alamama ve boy uzamasında yavaşlama gibi tipik belirtilerle ortaya çıkabilir. İleri yaşlarda hastalığın belirtileri daha geniş bir yelpazeye yayılır.