Hastalık bazı bireylerde yıllarca hiç belirti vermez veya çok hafif seyredebilir ve kişi çölyaklı bir hasta olduğunu uzun süre fark etmeyebilir. Hastalık tipik belirtilerle başlayabileceği gibi çok hafif belirtilerle de seyredebilir.Çölyak hastalığı olan çocuklarda özellikle karın ağrısı, karında şişlik, ishal, huzursuzluk, iştahsızlık, enfeksiyonlarda artış ve gelişme geriliği, kusma, kilo alamama ve boy uzamasında yavaşlama gibi tipik belirtilerle ortaya çıkabilir. İleri yaşlarda hastalığın belirtileri daha geniş bir yelpazeye yayılır.
Karın Bölgesinde öne doğru şişkinlikYaşa göre kilo azlığıKas zayıflığıKansızlıkDışkıda anormallik, büyük tuvalet ihtiyacının artmasıİshalKusmaBezginlikNedeni bilinmeyen karaciğer hastalıklarıBüyüme geriliği Ağız içinde oluşan aftlarİştahsızlık, gaz şikayetleriEklem ve kemik ağrılarıSinirlilikCiltte kaşıntılı döküntüler Çölyak hastalığı her yaşta teşhis edilebilmekle birlikte teşhisi zor olan hastalıklardan biridir. Çünkü belirtiler çoğunlukla ilişkili bir başka hastalığı da düşündürmektedir. Örneğin erken osteoporoz, kansızlık, teşhis edilmemiş laktoz alerjisi gibi hastalıklarla benzer belirtiler gösterdiğinden karıştırılabilir.
Çölyak hastalığının insan sağlığı üzerinde önem taşıyan birçok değişimlere neden olmasından dolayı doğru teşhisi önemlidir. Teşhis yöntemlerinden kan testleri serolojik özel testler (AGA, EMA) ile ön tanı konmakta ancak kesin tanı ince bağırsak biyopsisi ile konmaktadır.