Bağırsaklarda görülen endometriozis lezyonları Büyük abdest yaparken ciddi ağrı, gaz, karın şişliğine neden olmaktadır.Karın zarından bağırsaklara ve mesane duvarına kadar girmiş olan sinirlere kadar ilerleyip anatomiyi bozulmasına neden anal endometriozis lezyonlarına "derin yerleşimli endometriozis" denmektedir.