Bazı ilaçlar veya yöntemlerin bebeğe zararlı etkilerinden dolayı, gebelikte genital siğil tedavisi farklı yaklaşım gerektiren bir durumdur. Gebelikte dış bölge genital siğillerin tedavisinde; güvenle uygulanan çeşitli tedavi yöntemleri bulunmaktadır. Genital siğillerde tüm hastalar için ideal bir tedavi metodu söz konusu değildir.
Lezyonun sayısı, büyüklüğü, görüntüsü, keratinizasyon derecesi, yerleşim yeri, hastanın tercihi, hekimin tecrübesi, uygulamanın maliyeti ve yan etkileri tedaviye karar verilme aşamasında dikkate alınmalıdır. Hastalığın tekrar etme oranları yüksektir. Hangi lezyona nasıl bir tedavi uygulanacağı hekimin bu konu ile ilgili tecrübesiyle ilişkilidir.
Triklorasetik asit: Uygulaması oldukça pratiktir fakat dikkat gerektiren bir tedavi yöntemidir. Tedavi genellikle birden fazla seans gerektirirken, bazen de tek seans ile kür sağlanabilmektedir. Güvenli olduğu için gebelik döneminde de kullanılmaktadır.
Dondurma yöntemi: Genellikle sıvı nitrojenin lezyon üzerine püskürtülmesi şeklinde yapılır. Birden fazla ve küçük siğiller için çok etkilidir.
Yakma yöntemi: Özellikle genital sistemin dışardan görünen bölümünde meydana gelen siğillerin yok edilmesi için idealdir. Çoğu zaman tek seansta tüm odakların yok edilmesi mümkündür. Tedavi süreci kısadır.
Lokal cerrahi: Bu yöntemin en önemli avantajı patolojik tanı için doku elde edilmesidir.