Reflü hastalığında öncelik hastayı doğal yollarla, herhangi bir ilaç tedavisi ve mümkünse hiçbir girişimsel müdahalede bulunmadan tedavi edebilir. Bu amaçla hastaya yaşam tarzı ve beslenme alışkanlıklarında değişiklikler yapması ve varsa fazla kilolarından kurtulması yönünde öneriler verilir. Bu değişiklikler fayda etmediğinde ise ilaç tedavileri gündeme gelir. Genellikle burada kullanılan ilaçlar mide asidini azaltıcı diğer bir ifadeyle mide koruyucu diye tabir edilen ilaçlardır. Ancak bu ilaçlar belirli süreler zarfında kullanılmalı.
Çok uzun vadede kullanılan mide koruyucu ilaçların birtakım yan etki potansiyelleri bulunur. Uzun vadeli kullanımlar ilaç bağımlılığına yol açar. Sürekli kullanılan mide ilacı bırakılmaya çalışıldığında mide normalin 3-5 katı şiddetli asit salgılamaya başlar. Bu da hastanın aslında midesinde hiçbir şikâyeti olmasa bile mide problemi yaşıyor hissi verir. Hasta 1-2 gün ilaç almayınca midesinin kötü olacağını düşünüp tekrar ilaç kullanır ve bu kısır döngü aslında bir anlamda ilaç bağımlılığına yol açabilir.
Midede soruna yol açan durumlar; gastrit, ülser, helikobakter pilori denilen mide bakterisi ya da mideyle yemek borusunu birleştiren kapakçıkta bir gevşeklik olabilir. Eğer hastada helikobakter pilori bakterisi varsa antibiyotik tedavisi yapılır, alkol ve kahve tüketimi azaltılır.
Yaşanılan sıkıntının en sık sebebi yemek borusuyla mideyi birleştiren kapakçığın gevşek olmasıdır. Bu gevşekliği ilaçla düzeltmek maalesef çok da mümkün değil. Son yıllarda girişimsel yöntemlerle endoskopik olarak, ameliyatsız bir şekilde düzeltilebilir. ARMA (Antireflü Mukozal Ablasyon) yöntemi reflü hastalığında en sık yapılan tedavilerin başında gelir.