Yaşamı boyunca tehditler aldı
1960'lı yılların başında Malcolm X, Elijad Muhammed'e yöneltilen zina suçlamalarından haberdar oldu. Muhammed'in ilişki yaşadığı söylenen kadınların hepsi İslam Milleti'nin bir parçasıydı.Bu haberlerin patlak vermesi Malcolm X'in inancı için zorlu bir test süreci oldu. Muhammed bu iddiaları kabul etti ve Malcolm X, akıl hocasının karıştığı suçlar yüzünden büyük hayal kırıklığı yaşadı. Çok sayıda kişinin İslam Milleti'ne olan güvenini inşa etmesi sebebiyle Malcolm X büyük sorumluluk ve suçluluk duydu.
Olayın patlak vermesiyle Malcolm X 90 gün sessizliğe büründü. İslam Milleti'nden ayrıldığını açıklayan Malcolm X, kendi din organizasyonu olan Müslüman Camisi'ni kurdu.
Hac görevi için Suudi Arabistan'ın Mekke kentine giden Malcolm X, orada farklı kültürden insanlarla bir araya geldi ve inanç sistemini paylaştı. ABD'ye yeni bir enerji ve vizyonla dönen Malcolm X, yalnızca Afro-Amerikalılar için değil, tüm ırk ve etnik kökenden insanlar için mücadele etmeye karar verdi. İnsan hakları, özgürlük, eylem ve topluluk oluşturma hakkında söylemler geliştiren Malcolm X, kendisini yeniden inşa etti fakat İslam Milleti örgütüyle olan gergin eski defterler peşini bırakmıyordu.
Malcolm X'in suikaste kurban gideceği söylentileri kulaktan kulağa yayılmaya başladı. Malcolm X, eşi Betty ve 4 çocuğu sürekli tehdit alıyordu. Şubat 1965'te evine alev bombası atıldı. Saldırıyı yapan kişiler belirlense de, hiç kimseye ceza verilmedi.