Irak ve İran arasında patlak veren savaşta, Irak'ın 30 Aralık 2006'da idam edilen lideri Saddam Hüseyin'e destek veren Mübarek, Irak'a askeri yardımda bulundu. İran-Irak Savaşı'nın 1988'de son bulmasının ardından Mübarek, Arap ülkeleriyle ilişkileri kısa süreliğine yeniden toparladı ve Mısır, Arap Birliği'ne yeniden kabul edildi.