Uzunca bir süre kilise olarak kullanılmaya devam etmiş olan Khora Manastırı Kilisesi, Sultan II. Beyazıd devrinde (1481–1512), Sadrazam Hadım Ali Paşa (Atik Ali Paşa) tarafından 1511 yılında camiye çevrildi ve yanına bir de medrese eklendi.