LYON
31 Ağustos 2017 tarihinde Ndombele, bir yıllığına Lyon'a kiralandı. L'Équipe'a göre, Lyon kiralık transfer için 2 milyon € ödedi. Lyon ayrıca, onu 8 milyon € 'ya kalıcı olarak transfer etme seçeneğine sahipti. Bonuslarla 250.000 € ve Lyon'dan başka bir kulübe transfer olması durumunda olası bir kârın %20'sini önceki kulübüne ödeyecekti.
Ndombele, ilk rekabetçi maçına 17 Eylül 2017 tarihinde Lyon formasıyla Ligue 1'de deplasmanda 2-0 yenildikleri Paris Saint-Germain karşısında oynadı. İlk 11'de yer alan oyuncu, 72. dakikada yerini Christopher Martins'e bıraktı. 15 Şubat 2018 tarihinde ilk rekabetçi golünü, 2017-18 UEFA Avrupa Ligi'nin son 32 turunda evinde 3-1 yendikleri Villarreal CF takımına attı.
Daha önce kiralık anlaşmasında belirtildiği gibi Lyon ile kalıcı sözleşme imzaladı ve sözleşmesini 2022 yılına kadar uzattı. Sezondaki ilk maçına Etihad Stadyumu'nda Manchester City'ye karşı oynanan ve deplasmanda 2-1 kazandıkları UEFA Şampiyonlar Ligi'nde çıktı. 11 Kasım 2018 tarihinde TSG 1899 Hoffenheim ile 2-2 berabere kaldıkları maçta ilk Şampiyonlar Ligi golünü attı. Ligue 1'deki ilk golünü 24 Mayıs 2019 tarihinde Nîmes'e attı. Futbolcu, sezon boyunca düzenli olarak forma giyerken takım, Lille ve PSG'nin arkasından ligi üçüncü sırada tamamladı. Ayrıca Şampiyonlar Ligi son 16 turunda FC Barcelona'ya toplam 5-1'lik skorla elendi. Lyon başkanı Jean-Michel Aulas, Ndombele için teklif aldığını ve yaz transfer sezonunda futbolcunun gidebileceğini açıkladı.
Tottenham Hotspur
2 Temmuz 2019 tarihinde Ndombele, 62 milyon € (55,45 milyon £) ve buna ek olarak 10 milyon € (8,97 milyon £) değerinde bir bonservis bedeli karşılığında Tottenham Hotspur ile sözleşme imzaladı. Ndombele ilk kez 2019 Uluslararası Şampiyonlar Kupası'nda Juventus'a karşı forma giydi. Oyuna girdikten sonra bir dakika içinde Lucas Moura'nın golüne asist yaptı ve Tottenham maçı 3-2 kazandı.
10 Ağustos 2019 tarihinde Ndombele, Tottenham formasıyla ilk Premier Lig maçına çıktı ve 2019-20 sezonunda kulübün ilk lig golünü atarak takımının Aston Villa'ya karşı 3-1 kazanmasına katkıda bulundu.
Kötü formundan dolayı, 7 Mart 2020 tarihinde Burnley FC ile 1-1 berabere kalınan maçtan sonra Tottenham teknik direktörü José Mourinho, Ndombele'nin performansını ve algılanan profesyonellikten uzak olduğunu şu sözlerle söyledi: "O çok yetenekli bir oyuncu. Çok daha iyisini yapması gerektiğini ve ona oynama fırsatı veremeyeceğimi bilmeli çünkü takım çok daha önemli.”
Bununla birlikte, çok esnek ve dinamik bir oyuncu, hem teknik hem de taktik olarak iyi. Özellikleri nedeniyle Michael Essien ve N'Golo Kanté ile karşılaştırıldı.