Villareal
29 Ocak 2015'te Bailly, La Liga takımlarından Villarreal ile 5,7 milyon Euro karşılığında beş buçuk yıllık bir sözleşme imzaladı ve esas olarak Arsenal'e transfer olan Gabriel Paulista'nın yerine transfer edildi. Sarı Denizaltı için ilk maçına 22 Şubat'ta çıktı ve Eibar'a karşı alınan 1-0'lık galibiyette ilk 11'de başladı. Bailly, 19 Mart'ta UEFA Avrupa Ligi'ndeki ilk maçına çıktı ve Sevilla'ya karşı deplasmanda alınan 2-1'lik mağlubiyette oyuna girdi ve oyundan atıldı.
18 Ekim 2015'te Bailly, Seramik Stadyumu'nda Celta de Vigo'ya 2-1 kaybedilen maçın devre arasından kısa bir süre sonra oyundan atıldı. Takım 2015-16 UEFA Avrupa Ligi'nde son dörde kalırken yedi maça çıktı; 22 Ekim'de Dinamo Minsk'e karşı alınan 4-0'lık grup galibiyetinde kariyerinin ilk ve takımının tek golünü attı.
Manchester United
2016-17 sezonu: İlk çıkışı ve UEFA Avrupa Ligi'ne damga vurması 8 Haziran 2016'da Bailly, 30 milyon sterlinlik bir ücret karşılığında Premier League ekibi Manchester United'a katıldı ve iki yıllık ek opsiyonla birlikte dört yıllık bir sözleşme imzaladı. Yeni menajerleri José Mourinho tarafından imzalanan ilk oyuncu oldu.
İlk maçına 7 Ağustos'ta Wembley Stadyumu'nda Leicester City'e karşı 2-1 kazanılan FA Community Shield maçında çıktı ve maçın adamı seçildi. Bir hafta sonra Bournemouth karşısında alınan 3-1'lik galibiyetle Premier League'deki ilk maçında yine maçın adamı seçildi. Ağustos 2016'da Manchester United'da Ayın Oyuncusu seçildi. MUTV'ye yaptığı açıklamada, "Maçın Adamı ödülleri hiç düşünmediğim bir şeydi, ancak bunları sıkı çalışmam sayesinde elde ettim. Önümüzdeki haftalarda bunun daha fazlasını görmeyi umuyorum." dedi. 23 Ekim 2016'da Bailly, Chelsea'ye karşı alınan 4-0'lık mağlubiyet sırasında dizinden ciddi bir sakatlık geçirdikten sonra 52. dakikada oyundan alındı. Kırmızı Şeytanlar Avrupa Ligi'ni kazanırken 11 maça çıktı ve Sezonun Kadrosuna seçildi.
Beşiktaş
4 Eylül 2023 tarihinde Süper Lig takımlarından Beşiktaş'a transfer oldu. Beşiktaş kulübünden yapılan açıklmada; "Kulübümüz, Fildişili defans oyuncusu Eric Bailly’nin nihai transferi hususunda Manchester United ile anlaşmaya varmıştır. Kulübümüze önemli hizmetlerde bulunacağına inandığımız Eric Bailly’e şanlı formamızla üstün başarılar diler, kamuoyunun bilgisine saygılarımızla sunarız." denildi. Eric Bailly Beşiktaş'ta 30 numaralı formayı giyecek.