Kariyerine 2001 yılında Kaymakam adayı olarak başlayan Yunus Sezer, Edirne Lalapaşa Kaymakam Vekili, İzmir Beydağ Kaymakam Vekili, İngiltere’de yurtdışı stajı, Giresun Alucra Kaymakamı, Sivas Altınyayla Kaymakamı, Siirt Vali Yardımcısı, Diyarbakır Silvan Kaymakamı, Mahalli İdareler Genel Müdürlüğü Daire Başkanı, Bakan Danışmanı, İçişleri Bakanlığı Strateji Geliştirme Başkanı, Kırıkkale Valisi, görevlerinde bulundu. 11 Eylül 2021 tarih ve 2021/454 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanı olarak atandı.