Columbia Üniversitesi ve New York Üniversitesi’nde yarı zamanlı öğretim görevlisi olarak da görev yapan Karahan, 2022’de Amazon’da kıdemli ekonomist olarak çalışmaya başladı. Karahan, Kasım 2022’de Amazon’da Başekonomist görevine atandı.
Karahan, 28 Temmuz 2023 tarihinde Türkiye Cumhuriyet Merkez Bankası Başkan Yardımcılığı’na atanmış olan Fatih Karahan, Hafize Gaye Erkan'ın istifasının ardından 3 Şubat 2024 Resmi Gazete'de yayımlanan karar ile Merkez Bankası yeni başkanı olarak atandı.