Kaczynski, Federal Soruşturma Bürosu tarihindeki en uzun ve en pahalı soruşturmaya neden oldu. Kaczynski'nin kimliği belirlenene kadar, soruşturmaya University and Airline Bomber'ın kısaltması olarak UNABOM adı verildiği için, basın da bombalı saldırıların failine Unabomber adını taktı.
Kaczynski 1996 yılında tutuklandı. Devlet tarafından atanan savunma avukatları, Kaczynski'nin ölüm cezası almaması için aklî dengesinin yerinde olmadığı iddiası ile savunma yapmak istedikleri için, Kaczynski avukatlarını görevlerinden azletti. 1998 yılında, tüm suçlamaları kabul ederek suçunu itiraf ettiği için mahkeme ile uzlaşmaya varıldı. Kaczynski, şartlı tahliye imkanı olmaksızın ömür boyu hapis cezasına çarptırıldı. Ted'in hayatının belgeseli de çekildi.