Şükür namazında sünnete itibar edildiği için iki rekat olarak kılınmaktadır. Nafile namazların bir çoğunda iki rekat şeklinde kılınması sünnet olmaktadır.
Şükür namazı kılmak için öncelikli olarak niyet etmek gerekmektedir. Niyet ettim Allah rızası için iki rekat şükür namazı kılmaya diyerek niyet edilmektedir. Daha sonra Allahu Ekber denilerek tekbir alınır ardından Subhaneke okunur ve besmele çekilir. Fatiha suresi okunur ve bir zammı sure yahut Kuranı kerimden ayet okunur. Rukuya gidilir ve sonra secde yapılır daha sonra ikinci rekatta da aynı şekilde Fatiha ve Zammı sure okunduktan sonra ruku ve secdeden sonra son oturuşta ettahiyyatü, salli, barik ve Rabbena duaları okunur ardından selam verilir.
Şükür namazında nafile namaz olduğu için Fatihadan sonra herhangi bir zammı sure okunabilmektedir. Bazı alimler şükür namazında birinci rekatta kafirun suresini ikinci rekatta ise ihlas suresini okumayı tavsiye etmişlerdir. Özellikle sıkıntılı zamanlarda da bu şekilde nafile kılınmaktadır.