2005 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü’nde başladığı görevini 2009 yılından itibaren Vakıf Uzmanı olarak sürdürdü. 2014 – 2016 arasında Akaretler Atatürk Müzesi ve 2016 – 2019 Türk İnşaat ve Sanat Eserleri Müzesi müdürü olarak görev yaptı. Bu süreçte pek çok müze kurulumu ve restorasyon çalışmaları içerisinde yer aldı. Tarihi kültürel çevre koruma, müze bilim, dinsel kültürel sosyal tarih, toplumsal hafıza ve mimarlık tarihi alanlarında çalışmaları olan Mahir Polat, Tarih Vakfı Mütevelli Heyeti, Europa Nostra Türkiye, Vakıf Uzmanları Derneği üyesidir.