Kalkan balığı, temizlenmesi zorlayıcı balıklardandır. Bunun için özel kalkan bıçakları kullanılabiliyor. Normal bıçaklarla temizlerken ellere zarar verebilme ihtimali için özel bıçarklar tercih edilir. Öte yandan kalkan balığı yakalandıktan sonra uzun süre yaşayabildiği için temizleme işlemine de ölmüş olduğundan emin olduktan sonra geçilmesi gerekir.
Balığın ilk olarak yüzgeçleri kesilir, ardından dilim şeklinde doğranır. Sonra da iç organları çıkarılarak ayıklanır. Tamamen temiz olması için bol su ile yıkanır.
İsteğe göre pişirilebilen kalkan balığı tavada, buğulama, haşlama, ızgara veya fırınlama şeklinde yapılabilir.Her sezonda yenebilen kalkan balığı, Marmara’da, Karadeniz’in batısında yoğun olarak ve taze elde edilebilir.