Fonun amacına uygun olarak yönetim kurulu tarafından onaylanan projeler için, harcama programı çerçevesinde ödenmek üzere, yönetim kurulu kararı ile ilgili fondan kamu kurum ve kuruluşlarına kaynak aktarılacak.
Projelerin ekonomik ve teknik açıdan yapılabilirliği ile fon tarafından aktarılan tutarların mevzuata uygun, etkili, ekonomik ve verimli kullanımına ilişkin sorumluluk, ilgili kurum ve kuruluşlara ait olacak.
Aktarılan tutarlar, genel bütçe kapsamındaki idareler için genel bütçeye, diğer idareler için ilgili kamu kurum ve kuruluşlarının bütçesine gelir kaydedilecek.
Kaydedilen tutarlar karşılığını ilgili idare bütçelerinde açılacak tertiplere ödenek kaydetmeye ve bu suretle ödenek kaydedilen tutarlardan yılı içinde harcanmayan kısımları ertesi yıla devretmeye ilgili idareler yetkili olacak.
Geri ödeme öngörülen projelerde aktarılan tutarlar, ilgili kamu kurum ve kuruluşlarına geri ödenecek. İlgili kurum ve kuruluşlara geri ödenen tutarları genel bütçe kapsamındaki idareler için genel bütçeye, diğer idareler için ilgili kurum ve kuruluşların bütçesine gelir ve ödenek kaydetmeye ilgili idareler yetkili olacak. Gelir ve ödenek kaydedilen tutarlar bir sonraki ayın en geç 10'uncu iş günü içerisinde ilgili kurum ve kuruluşlarca bütçeye gider kaydıyla fona aktarılacak.
Yönetim kurulu tarafından onaylanan projelerin süreli olması ve harcama programı kapsamında ödenen tutarların ilgili kurum ve kuruluşlarca harcanmaması durumunda, harcanmayan tutarlar, ilgili projenin bitişini müteakip en geç 10'uncu iş günü içerisinde ilgili kurum ve kuruluşlarca bütçeye gider kaydıyla fona aktarılacak.
İlgili kurum ve kuruluşlara aktarılan kaynakların yararlanıcılara aktarılabilmesi ve doğabilecek geri ödemelerin alınabilmesi için bahse konu kurum ve kuruluşlar Ödeme ve Menkul Kıymet Mutabakat Sistemleri, Ödeme Hizmetleri ve Elektronik Para Kuruluşları Hakkında Kanun kapsamında faaliyet gösteren ödeme hizmeti sağlayıcılar, Finansal Kiralama, Faktoring, Finansman ve Tasarruf Finansman Şirketleri Kanunu kapsamında faaliyet gösteren finansman şirketleri ile kredi garanti kurumlarıyla protokol yapabilecek.