Beyin yiyen amip bakteri kökenli menenjit ile benzer belirtiler gösterir. Başlangıç olarak genellikle semptomlar 5 gün sonra başlasa da 1 ila 7 günü de bulabilir. Belirtileri; baş ağrısı, ateş, bulantı veya kusma olabilir. İlerleyen semptomlar; boyun tutulması, kafa karışıklığı, çevreye ve insanlara karşı dikkat dağınıklığı, denge kaybı, nöbet geçirme ve halüsinasyonlardır.
Semptomların hemen ardından hastalık hızla yayılır ve genellikle 5 gün içerisinde ölümle sonuçlanır. Enfeksiyonun beyin dokusunu öldürerek, beyinde ödem oluşturması ile ölüme sebebiyet verir.
Naegleria fowleri üzerinde etkili birkaç ilaç bulunsa da henüz tedavisi bilinmiyor. Etkili bir yöntemin henüz bulunamamış olması hastalığa sahip kişilerin kısa süre içerisinde vefatı olduğu gibi nedenlerinden birinin de hastalığın çok ender görülme durumuyla ilişkilidir.