Diğer taraftan İzmir'in Kurtuluşu'ndan sonra Damat Ferit Paşa 21 Eylül 1922'de ülkeden kaçtı. Mudanya Mütarekesi gereği Trakya topraklarının teslimi yapılırken Türkiye'yi temsil edecek kişi olarak Mustafa Kemal Paşa'nın isteği ile Refet Paşa; İstanbul komutanı olarak da Millî Müdafaa Umumi Katibi Selahattin Adil Paşa görevlendirildi. Refet Paşa, 19 Ekim tarihinde TBMM Muhafız Grubu'ndan 100 kişilik bir kuvvetle Gülnihal vapuru ile Mudanya'dan ayrılıp İstanbul'a geldi. Ardından "İstanbul Komutanı" sıfatıyla Selahattin Adil Paşa, 81. Alay ile İstanbul'a geldi. Refet Paşa ve Selahattin Adil Paşa'nın İstanbul'a gelmesine rağmen işgal sonlanmadı. Çünkü mütarekeye göre işgal kuvvetleri barış antlaşması imzalanmasından hemen sonra İstanbul'u boşaltacaktı.
24 Temmuz 1923 tarihinde Lozan Barış Antlaşması'ndan sonra, 23 Ağustos 1923'ten itibaren İtilaf kuvvetleri İstanbul'dan ayrılmaya başladı. Son İtilaf birliği ise 4 Ekim 1923 günü Dolmabahçe Sarayı önünde düzenlenen bir törenle Türk bayrağını selamlayarak şehri terk etti.
6 Ekim 1923'te ise Şükrü Naili Paşa komutasındaki 3. Kolordu İstanbul'a girdi ve işgal resmen sonlandı. İşgal 4 yıl 10 ay 23 gün sürdü. Her yılın 6 Ekim'i böylece İstanbul'un kurtuluş günü olarak belirlendi ve kutlanmaya başlandı.
