1995 yılında çıkardığı Ateşini Yolla albümündeki klip şarkılarının yönetmenliklerini de üstlenen Peker, 1998 yılında Dünden Bugüne Hakan Peker adlı toplama albümünde hit şarkılarının yeni düzenlemelerine yer verdi. "Bir Efsane" şarkısı bu albümle bir kez daha hit oldu.
2000 yılında İlla ki albümüyle Türkiye Müzik Ödülleri'nde "en çok satan albüm" ve "yılın en iyi erkek sanatçısı" ödüllerini kazanan isim oldu. 2001 yılında, sanatçının dinlemekten zevk aldığı Türk sanat müziği şarkılarından oluşan Canım İstedi adlı özel albüm izledi.
2003 yılında Aşk Bana Lazım adlı stüdyo albümünü, 2004 yılında Taş Gibi adlı, kariyerinin ilk teklisini piyasaya süren Peker, sırasıyla 2004 yılında Yak Beni, 2006 yılında Gece Gözlüm ve 2011 yılında Karamela adlı çalışmalarıyla müzik hayatını sürdürdü. Son olarak klibini Özge Ulusoy ile çektiği 'Mütemadiyen' isimli single çalışmasını sevenleriyle buluşturdu.
7 Nisan 2016 tarihinde çıkardığı Efsane Şarkılar albümü ile tekrar sevenleriyle buluştu. 24 Haziran 2017 tarihinde beğeniye sunduğu Bir Yuva Kuramadık adlı single çıkardı.
Sanatçının 1981 yılında Nadya Şeker ile yaptığı evliliğinden Burak Peker adında oğlu bulunmaktadır. 16 Kasım 2015'te torunu "Hakan Peker" doğmuş ve dede olmuştur.