Pop rock tarzındaki 'Teslim Oldum' adlı dördüncü albümünü 1998'de çıkaran sanatçı, albümdeki 10 şarkının 7'sinin sözlerine imza attı. Yaptığı her çalışmayla müzikseverlerin beğenisini kazanan Kolçak, 2000 yılında çıkardığı 'Yaşasın' adlı beşinci albümünün ardından bir süre müziğe ara verdi.
Kolçak, televizyon dizilerinde de rol alarak, 1999'da 'Aile Bağları', 2002'de 'Reyting Hamdi' ile 'Kurşun Asker' ve 2012'de ise 'Pis Yedili' adlı yapımlarda oynadı. 'Müzisyen' adlı albümüyle "Kahin Aziz Malachy'ye Göre Papalığın Sonu" kitabını 2006'da hayranlarıyla buluşturan sanatçı, 2010'da ise annesini kaybetmenin üzüntüsünü yaşadı. Aynı yıl prostat kanseri olduğunu öğrenen Kolçak, gördüğü tedavinin ardından kanseri yenerek, 'Yeniden Doğuyorum' albümünü 2012'de yayınladı.
Kolçak, müzik hayatının 25'nci yılı anısına 2016'da 'Çeyrek Asır'ı çıkardı. Sevilen şarkılarına yer veren sanatçıya albümde, Işın Karaca, İrem Derici, Tan Taşçı, Yaşar, Bedük, Kubat, Aşkın Nur Yengi, Tuğba Yurt, Umut Kuzey, Hakan Kahraman, Gülçin Ergül, Alişan Göksu, Gökhan Türkmen ve Zara eşlik etti. Büyük ilgi gören albümün ikincisi için de çalışmalara başlayan sanatçının bu projesi vefatı dolayısıyla yarım kaldı.
Prostat kanseri nedeniyle 2014'te de ameliyat geçiren Kolçak, bir açıklamasında hastalığıyla mücadelesini şu sözlerle anlatmıştı:
"Ölüm, hayatta birçok şeye anlam katıyor. Ölümsüz olsaydık, birbirimize değer vermezdik. Dünyada, öleceğini bilerek yaşayan tek varlık insan. Bunu ötelemeyi de beceriyor insan. Hastalıkla, bu gerçekle yüz yüze geliyorsunuz. Bazı şeylerle yüzleşmek durumunda kalıyorsunuz. İki seçeneğim vardı: Ya acıya katılıp, kendimi yok etmek ya da yaşama dört elle sarılmaktı. Ben, içimdeki tanrısal güce sarılıp, sonuna kadar yaşamayı seçtim."
Vejetaryen, hayvansever ve doğa tutkunu biri olarak tanınan ünlü sanatçı, sosyal medyadaki son paylaşımında, "Unutma, sen gelecek planları yaparken, hayat da kendi planlarını yapıyor" ifadelerine yer vermişti.
Harun Kolçak, hastalığı süresince sanata tutunmuş, kanseri de maneviyatı ile yendiğini ifade etmişti. Haziran 2016'da hastalığı yeniden nükseden sanatçı, 19 Temmuz 2017'de tedavi gördüğü hastanede 62 yaşında hayata veda etti. Sanatçının cenazesi, Bursa'nın Gemlik ilçesinde bulunan aile mezarlığına defnedildi.